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计算材料科学相关代码/脚本
注意事项：
• 本仓库代码主要依赖dpdata、ase、pymatgen等python包
• 使用脚本前，请先阅读源码及其中的注释！
• 部分脚本可解析命令行参数，使用 python xx.py -h

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脚本内容

Markdown 书写指令基本需求

Gemini链接）

print(“基本用法”）

VASP相关脚本

• VASP-scripts/:DeepMD相关脚本

outcar_vasp2raw.py                   #将OUTCAR转换为DeePMD的输入文件（利用 dpdata package）
outcar_vasp2extxyz.py                #将OUTCAR转换为MACE的输入文件 (利用 ase package)

plot相关脚本

• CP2K-script/:画图相关脚本

cp2k2extxyz.py                       #将cp2k-aimd文件转换为extxyz文件（基于ase以及brucefan1983GPUMD)
vasp_aimd_plot.sh                    #提取VASP的AIMD输出文件信息绘图 (基于matplotlib) 包含能量、体积、温度、应力等

lammps相关脚本

• Lammps-scripts/Lammps相关脚本

run-msd-mace.in                      #运行lammps的NVT系统MD，输出msd数据存储到msd_results.txt;

plot相关脚本

• plots/:画图相关脚本

plot-dp-test.py                      #直接对deepmd测试的输出文件绘图（基于matplotlib)
vasp_aimd_plot.sh                    #提取VASP的AIMD输出文件信息绘图 (基于matplotlib) 包含能量、体积、温度、应力等

strucs相关脚本

• strucs-scripts/结构处理:的相关脚本

check_density.py                     #处理结构的密度（利用 ase package python check_axis.py  *.vasp)
check_axis.py                        #处理结构的abc以及aplha beta gamma晶格参数 执行方式python check_axis.py  *.vasp)
check_nd.py                          #处理结构得到中子衍射数据(利用 deby package) 
change_poscar2xyz.py                 #转换结构形式，获得xyz格式的文件
change-cif.py                        #如果一个 CIF 文件中没有原子位移参数（ADP），脚本会为每个原子类型添加一个各向同性的 Uiso 参数，其默认值为 0.001。
check_gr.py                          #处理结构得到pdfgui，（利用ase package python check_gr.py 输入文件为cif,处理之前需要利用change-cif.py

性质计算脚本

• properties-scripts/性质计算的相关脚本

calculate_micro_ion_conductivity.py  #微观角度计算离子电导率的计算脚本（ 利用ase package)

Machinelearning相关脚本

• machinelearning-scripts/机器学习的相关脚本

chgnet_train.py			    #chgnet训练脚本
chgnet_grep.py			    #chgnet提取vasp的输出文件